Nel 1889 Aby è a Firenze e vi rimarrà per altri quattro anni, conseguendo il dottorato in storia dell’arte nel 1893, con una dissertazione dal titolo “Sandro Botticelli. ‘Nascita di Venere’ e ‘Primavera ‘. Un’indagine sui concetti di antichità nel primo Rinascimento italiano”, in cui sostiene come le illustrazioni dei Maestri del Rinascimento italiano non si limitassero ad una manieristica riproduzione delle “favole antiche”, ma che queste fossero “riattivate dagli artisti del Quattrocento fiorentino” e “investite di un nuovo significato”.
Fatto ritorno ad Amburgo nel 1902, lascia però il cuore a Firenze: ecco gli studi “Arte del ritratto e borghesia fiorentina”, dissertazione sulla ritrattistica medicea, in particolare quella del Ghirlandaio; “Le ultime volontà di Francesco Sassetti”, analisi del testamento del banchiere e mecenate fiorentino del ‘400 Francesco Sassetti; “Arte italiana e Astrologia internazionale in Palazzo Schifanoia a Ferrara”, con cui parteciperà al X Congresso Internazionale di Storia dell’Arte, tenutosi a Roma nel 1912.
Quelli fra il 1918 ed il 1924 sono invece anni segnati dall’esperienza del sanatorio. È degente presso la casa di cura di Kreuzlingen a causa di una seria malattia psichiatrica. La follia di Warburg, vero e proprio esploratore dei territori fascinosi e numinosi quanto perigliosi e impervi dell'”immaginario collettivo”, a conti fatti non è che una sorta di bruniano “eroico furore”; del resto al grande nolano Warburg ebbe a dedicare vari studi, come il saggio omonimo “Giordano Bruno”, contenuto ne “La rinascita del paganesimo antico e altri scritti”.
Warburg si oppose ad una critica dell’arte “formalista”, ritenendola piuttosto limitante, vedendo egli nelle raffigurazioni artisitche immagini cariche di significato connesse con la natura la cultura e la memoria di una civiltà. Nel 1929, tenne a Roma una conferenza dal titolo “Mnemosyne”, proponendo un progetto di atlante illustrato, “Bilderatlas Mnemosyne”, incentrato sulle antiche immagini di divinità riaffioranti nella cultura europea moderna; la cui parziale realizzazione è stata oggetto di una mostra tenutasi proprio nel 2020 a Berlino per l’inaugurazione dell’Humboldt Forum. Warburg, infatti, non fece in tempo a portare a termine l’ambiziosa iniziativa culturale, poichè tornato ad Amburgo, vi morì il 26 ottobre 1929, a causa di un improvviso attacco cardiaco.